臺灣大學工業工程學研究所碩士班成立於1994年，師資結合工學院機械系、電資學院電機系與資訊工程學系、管理學院工商管理學系，展現本所跨領域之師資。於 2003年與機械系合設工業工程與管理領域博士班，並在2010年成立本所博士班，整合系統工程、與系統管理之研究。本所碩博士班的主研究領域：1) 數據系統與分析、2) 智慧決策、3) 作業研究、4) 供應鏈管理與工程、5) 科技管理。
此外為配合社會趨勢以及業界需求，同時並強調本所跨領域研究以及產業整合之背景特色，我們於2011年成立跨領域整合與創新高階主管碩士在職專班，吸引不同領域專長之中高階主管與業界之隱形冠軍，除了該專班學員之間跨領域研究合作之激盪。本學程發展方向係針對我國產業的前瞻性需求，結合臺灣大學在工程、生醫、經濟、法律、管理等領域的優勢資源，注重創新研發流程、產業系統整合、製造服務及全球運籌的研究；發展目標也將在下列各領域中追求卓越與整合創新的綜合效應︰1) 資通、奈米、生醫、與其他高科技產業之跨領域整合研發、2) 科技趨勢與產業創新、3) 服務產業規劃與運籌、4) 全球化物流系統、供應鏈系統、服務系統、與決策管理系統之規劃與運籌。
自成立至今已累積近千名校友，為讓各個學程的交流能帶來新的產業學習能量，進而奠定跨領域研究以及產業整合之基石，並連結校友間的聯繫，本所決定成立臺灣大學工業工程學研究所校友會。